عملت بنية التعاون والشراكة منذ نشأتها في إطار إعادة هيكلة المؤسسة سنة 1997 على تنمية التعاون و الشراكة مع المنظمات والهيئات التي تعنى بقضايا الهجرة عامة وقضايا الهجرة المغربية على وجه الخصوص، إلى جانب دعم الشراكة مع جمعيات المغاربة المقيمين بالخارج على اختلاف أنواعها واهتماماتها، و تتمثل الشراكة في دعم بعض الأنشطة العلمية والثقافية و التربوية للجمعيات.
- ويمكن تلخيص أنشطة البنية في المهام التالية :
- دراسة وتقييم المشاريع الناتجة عن مبادرات المغاربة المقيمين بالخارج سواء كانت فردية أو جماعية، والمشاركة في تمويل وتنفيذ هذه المشاريع التي تدخل ضمن نطاق المهام الموكلة للمؤسسة
- العمل مع المؤسسات الوطنية و الدولية التي تهتم بقضايا الهجرة
- تطوير الشراكة و التعاون مع جمعيات المغاربة المقيمين بالخارج